基于鲤鱼线粒体基因组和全基因组信息的基因流分析开题报告

1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）

当今是一个信息大数据的时代，存在着很多各式各样的信息，但是对已有信息的利用不够充分，信息的浪费现象严重，所以信息的收集和再利用是我们所要学习的。近年来，随着分子生物学技术的发展，在许多生物学领域方面利用线粒体基因组进行物种基因流分析和遗传结构多样性的研究成为热点。由于线粒体基因组（mtdna）具有母系遗传，进化速度快，拷贝数多，不易发生重组，高替代率[1](brown et al 1979)的特点，常用作研究动物群体基因组进化的有效遗传标记[2]，其次也可作为物种种属鉴定的标志。尽管很多学者已经利用线粒体基因组对很多生物进行基因流的研究，例如，李菁[2]等人在玉米螟成虫线粒体基因组方面的研究，钟立强[3]等人对黑龙江野鲤，黄河鲤，建鲤，荷包红鲤四种鲤鱼种群多样性的分析。但是在鲤鱼各品种之间的线粒体基因组和全基因组的基因流分析的报告及文章还鲜有报道，因此本研究主要是对鲤科鱼类的10个品种鲤的线粒体基因组和全基因组进行分析，从而分析其基因流的情况和种属亲缘关系的鉴定，为鲤的基因进化和种属保护奠定一定的基础。

参考文献：

[1]brown,w.m.,george jr.k.,wilson,a.c.rapid evolution of animal mitochondrial dna.proc.natl.acad.sci.u.s.a.76,1967-1971

2. 研究的基本内容和问题

研究的目标：

通过对已收集到的鲤科鱼类的10种品种33条线粒体基因组和全基因组的描述性分析（数据全部来源于中国水产科学院淡水研究中心重测序组装），得到线粒体基因组的基本信息和全基因组的描述性分析、d统计量分析和主成分分析，完成对10个品种鲤科鱼类的分析，从而完成10种鲤科鱼类的全基因组的基因交流的分析，确定其进化过程中所发生的基因交流。

内容：

3. 研究的方法与方案

研究方法：

1.不同鲤品种线粒体组和基因组序列的获取

10个品种鲤的33条完整线粒体基因组序列来自33条鲤鱼已重测序完成的全基因组序列组装出的线粒体组序列，重测序组装所需的标准鲤序列样本来自中国水产科学研究院淡水研究中心徐鹏研究员发布在nature genetic上的文章《genome sequence and genetic diversity of the common carp，cyprinus carpio》中的已测序完成的松浦镜鲤全基因组。

2.线粒体基因组的snp位点分析

采用clustal o1.2.0 ubuntu 86_64程序对33条线粒体基因组全序列进行多重比对，将基因两端的不稳定序列除去，采用bioedit7.0进行snp位点的查找，记录snp位点并进行线粒体基因组snp位点的筛选研究。

4. 研究创新点

随着生物技术的发展，在分子生物学领域基因组学的研究称为当前的研究热点，我的毕业设计研究也算是我对基因组学方面的初步接触，这顺应了当前研究的热点。基因组学虽然是热点，但是现在对于一些生物线粒体基因组的研究还不到位，虽然几乎大部分的生物的线粒体基因组数据已经被测序出来，但是根据基因组的数据来研究生物之间的关系的研究实验还是比较少见的，这样在某一方面来说也是对现有数据的一种浪费，特别是在鲤鱼方面，线粒体基因组的研究在国内是非常非常少的，文献基本查阅不到，所以我的毕业设计研究创新性方面还是有着一定的先进性。

5. 研究计划与进展

（1）本实验的初步信息的采取完成于2015年的10月。

（2）对于信息的初步处理完成于2015年的12月。

（3）信息的分析作图完成于2016年的2月。