猪圆环病毒2型起源与进化动力学分析以及我国安徽地区流行毒株全基因组序列分析开题报告

1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）

1.意义1.1 为解决pcv2起源于分型的争议1.1.1探索pcv2起源于禽圆环病毒还是蝙蝠圆环1.1.2探索pcv2分型1.1.3为预防、诊断和治疗猪群pcvd提供参考信息。

1.2克隆pcv2病毒的基因组：1.2.1监测已有病毒的变异情况1.2.2挖掘病毒详细的序列信息2.国内外研究概况猪圆环病毒（pcine cicovirus, pcv）属于圆环病毒科，圆环病毒属成员，是已知的最小的哺乳动物病毒[1]。

病毒粒子直径为17nm，呈20面体对称，无囊膜，以滚环方式复制。

2. 研究的基本内容和问题

4.目标4.1探索pcv2的起源4.2探索pcv2的分型4.3找出pcv2适应猪群的关键位点5.研究内容5.1 病料本研究所用的病料来自于安徽省地区某猪场的送检病料组织，主要为肺脏（表1）。

5.2 主要试剂与材料2 x taq plus master mi x ，pcr用高保真酶，dl2000marker购自南京诺唯赞生物科技有限公司，河北天隆科技病毒核酸提取试剂盒，赛默飞反转录试剂盒。

5.3主要仪器与设备超低温冰箱，eppdf pcr仪，凝胶成像系统，核酸电泳仪，研磨器，河北天隆科技有限公司核酸提取仪。

3. 研究的方法与方案

7. 研究方法一代测序技术与生物信息技术相结，对猪场腹泻猪粪便样本病毒群落。

8.技术路线：见附件9.实验方案及可行性分析实验室已有成熟的实验方案。

4. 研究创新点

10.创新之处10.1首次运用生物信息学技术，对pcv2orf2基因进行大数据分析，研究其系统发育关系。

10.2找出pcv2的可能起源。

10.3利用生物信息学技术研究我国安徽地区的pcv2流行情况。

5. 研究计划与进展

11.研究计划及预期进展11.1 2017年12月-2018年1月收集样本和序列 11.2 2018年2月-3月基因组样品制备，送测。

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11.32018年4月-5月分析数据11.42018年5月-6月撰写论文