胰腺癌中差异基因的表达及预后功能分析开题报告

1. 研究目的与意义

1.研究背景：研究背景
当今社会胰腺癌一种危害很大的肿瘤，主要见于男性和高龄患者（40-85岁），患者具有家族倾向性，病程具有侵袭性。

胰腺癌占所有癌症的2%和癌症相关死亡的5%，在无症状癌症中排名第一。

胰腺癌中90%的病例是腺癌[1]。

2. 研究内容和预期目标

本课题将从公共数据库TCGA和GEO进行数据挖掘，检索胰腺癌-正常样本对照的基因表达数据并进行差异表达分析，从中筛选获得表达水平和胰腺癌患者生存及预后显著相关基因，对其中参与调控EMT的相关基因进行表达水平分析，并据此进行单因素和多因素Cox回归，构建预后诊断模型并对模型的生存预测能力进行评价。此外，还将对EMT相关胰腺癌差异表达基因进行功能、通路分析和互作用网络构建，系统揭示其在胰腺癌调控中的分子机制。

3. 研究的方法与步骤

1、从tcga数据库下载胰腺癌rna测序（rna-seq）数据、从geo数据库下载胰腺癌及正常样本基因芯片数据与相关临床数据，利用limma按照log2fc绝对值大于2与fdr小于0.05的标准筛选出差异基因，取两个数据库的交集，得到在胰腺癌中差异表达的基因，绘制基因表达热图和火山图。

2、对候选基因进行单变量回cox回归，计算cox系数和风险值，缩小候选基因范围，并绘制森林图。

3、根据设定阈值筛选基因进行多变量cox回归，鉴定出与癌症患者的预后显著相关基因，并得到预后风险模型和风险值函数。

4. 参考文献

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自然界。

2022 608 月;7924（795）：802-10.doi：1038.41586/s022-05082-5-2022。

5. 计划与进度安排

1、第1周～第2周 接受任务，按照指导教师要求查阅资料，撰写开题报告。
2、第3周～第4周 进行数据收集，熟悉相关程序软件，数据的预处理等。
3、第5周～第8周 标准筛选出差异基因，并用TCGA中的RNA-Seq数据验证差异表达，绘制基因表达热图和火山图。利用Gepia在线分析差异基因表达水平与临床病理特征。
4、第9周～第12周 完成单因素和多因素COX分析，评价差异基因雨后价值，完成通路富集分析及网络构建。
5、第13周～第14周 实验数据的整理，撰写和修改毕业论文；
6、第15周 提交实验数据、英文翻译、图表等，毕业答辩。